在線硅酸根分析儀的工作原理是基于朗伯—比耳定律，應用硅鉬藍光電比色法進行分析
在線硅酸根分析儀有6個測量通道:4個水樣通道，1個標準液通道和1個空白水通道。具體測量過程如下:
1）水樣被送入一個恒位器。通道調節閥都可以調節水樣流量，水樣必須總是保持溢流排放;根據提前設置好的程序，通道選擇閥選中一路水樣通道，選定的水樣被蠕動泵送入恒溫反應槽;反應槽內水樣被預熱到45℃，排除了水樣溫度對測量的影響;把鉬酸和硫酸加人渦流攪拌器，(加入鉬酸銨生成硅鉬黃、磷鉬黃，再加入硫酸降低樣水的pH值，將pH值控制1.2至1.3之間)，再加入草酸，掩蔽掉磷鉬黃;再加入硫酸亞鐵銨，將水樣中的硅鉬黃還原成藍色的硅鉬藍。
2）有色的水樣流進恒溫的光度計并*充滿。光度計頂端的通氣孔保證光度計中不存在氣泡。
3）將含有硅鉬藍的水樣送入光度計進行光電比色測量，此時用波長為815nm的光照射水樣，硅酸的濃度通過標準曲線計算。當光度計中的水樣水位過高時，將會被虹吸管自動排出。